Na najstarszym widoku Przemyśla z 1618 r., pomiędzy budynkiem ratusza, a katedrą, widoczny jest jeden kościółek wyróżniający się ostrą wieżyczką i prostą formą przypominającą kościoły drewniane.
Powyżej, artysta umieścił wstęgę z napisem „Templum San Pietro” (Świątynia Św. Piotra).
Historia tego kościoła znana była tylko z dokumentów, lecz niedokładnie. Na podstawie relacji biskupa przemyskiego Hieronima Sierakowskiego wiemy, że kościół św. Piotra został poświęcony 16 maja 1212 r. przez biskupa Jana (nie jest znane nazwisko). Kościół miał wówczas podwójne wezwanie Św. Piotra i Pawła. Po przybyciu franciszkanów do Przemyśla (po 1235 r.) kościół służył im do posługi kapłańskiej do czasu wzniesienia nowej świątyni dla Franciszkanów z fundacji Eryka de Winsen herbu Mora (k. XIV w.)
W 1618 r. kościół św. Piotra otrzymali na własność Księża Jezuici, którzy odprawiali w nim nabożeństwa do czasu wzniesienia nowej barokowej świątyni. Z tego czasu znany jest utrwalony przez Brauna wizerunek kościoła, w panoramie Przemyśla. Natomiast zarys kościoła znany jest na podstawie planu realności Jezuitów z 1 poł. XVII w. ze zbiorów Biblioteki Uniwersyteckiej we Lwowie. Świątynia była zaplanowana na rzucie krzyża z trójkątnie zamkniętym prezbiterium od wschodu. Z opisu wiemy, że była to świątynia drewniana z dachem dwuspadowym krytym gontem i wysoką strzelistą wieżą / sygnaturką pośrodku. Nieopodal przebiegał mur cmentarza, który też stanowił od północy granicę posiadłości zakonu.
Badania archeologiczne prowadzone w latach 2015 – 2017 prowadzone przy ulicy Katedralnej 3 (dawne Collegium Novum w zespole Jezuitów) poszerzyły wiedzę co formy kościoła i jego zasięgu.
Badania prowadzili archeolodzy z Muzeum Narodowego Ziemi Przemyskiej. W trakcie wykopalisk odkryto:
- pozostałości posadzki ceglanej gotyckiej świątyni wraz z kamienną podstawą południowej ściany magistralnej oraz poziom starszego kościoła z zachowaną posadzką z płytek ceramicznych.
- obiekty sepulkralne związane z funkcjonowaniem gotyckiego kościoła.
- zarejestrowano 2 murowane krypty pod posadzką kościoła gotyckiego.
Na podstawie analizy porównawczej z jezuickimi materiałami dokumentacyjnymi, oznaczono wyniki badań i zasięg kościoła św. Piotra, znanego z przekazów archiwalnych oraz z XVII w. rycin.
